神通と称される意味は、意根が如来蔵に依って一切の法を了別できることを指す。しかし意根が了別する法を意識が知らない場合、それは神通が無い状態である。もし意識が極めて強い禅定中にあり、識心が高度に集中し、了別力が増強されれば、意根の知る多くの法をも了別できる。意識が幾つの法を了別できるかは、禅定力の大小と智慧境界の高低、即ち三昧力の如何による。
何故神通が禅定と意根に関わるのか。色身が六識に及ぼす影響力・制御力は極めて大きく、禅定が生起すると色身の影響力・制御力が軽減される。意識が色身の制御を離れ、色身の制限を脱すれば、意根の了別する多くの法及び一切の法を了別できる。故に神通出現の第一歩は色身を降伏し、色陰の領域を通過し、識心が色身に制御されず、心がその形を離れることである。色陰とは色身の障礙作用であり、五陰全体が障礙作用を有する。これを突破すれば障礙が無くなり、神通が現前する。吾に身有り、大いなる患いなり!
色陰は意根に対しても障礙作用を及ぼす。意根が色身を真実と見做し強く執着すれば、禅定も神通も生じない。意根が束縛を離れた時、意識も束縛を離れ神通を得る。禅定力が極めて強く、意根の智慧も極めて強大な時、意根は完全に六識に代わり得る。
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