意根と意識の関係は人間と顕微鏡・拡大鏡の関係に喩えられる

人間の視覚は限界があり、極微細な物質色法を弁別できないため、精密機器を用いて観察を補助する。人間は機器と同時に観察し、機器がどの程度観察したか、人間がその程度を了別する。機器が観察した分だけ人間も了別し、同時に機器の反応を参考に対象を思考判断し、段階的に機器の観察方向・角度・箇所を指示し、最終的に総合結論を導き出し総合選択を行う。

意根を人間に、意識を人間が使用支配する機器に喩える。極微細な事象については意根は意識の観察分析思考判断に依存し、意根は意識の情報を基に独自の思索判断を行い結論を導き選択し、六識がそれに従って実行する。

接触する物質色法を自ら了別可能であれば、煩雑な精密機器使用は不要である。意根が接触法を大凡了別でき、微細な了別を要しない場合は意識の協力を必要とせず、意識は意根の了別内容・心行・処理方法を把握できない。意識に妙観察智が備わって初めて意根の心行を理解可能となる。

これにより、意識の一切の行動は意根の統制を離れ得ず、意識が意根を欺き行動を承諾させ得る場合を除く。ロボットが人間の制御を脱するのが極めて困難なのと同様で、プログラム不備や混乱が無い限り不可能である。意根と意識の内在的関係と各機能を明確に区別できれば、修行を掌握し智慧を増長させ道業を促進できる。